Come ha detto @genesi, dipende dal linguaggio di programmazione.
Se usi .NET, il framework ha già le funzioni necessarie. Vedi qui: Estrazione xml da file p7m
Immagino che anche in Java si trova tutto già pronto (ma non usandolo non so dirti come si fa).
Se invece usi php, ti conviene seguire i consigli di @fednikx e @giacomello1 e usare OpenSSL.
Tieni anche presente che alle volte i file .p7m sono codificati in base64, quindi dovrai prima verificare se sono dati base64 e, se lo sono, eseguire la decodifica base64 prima di estrarre il file xml.
Ci sono già parecchi topic a riguardo in questo forum.