Scusa ma non mi è chiara una cosa.
dici che nel p7m ci sono file xml in binario, quindi vuol dire che estrai i file xml dalla firma. A che pro, quindi fare openssl base64 -d -in nomefile.p7m?
Intendi che è direttamente il file p7m ad essere binario? Se fosse così, scusa la domanda banale, hai provato ad aprirlo direttamente con il dike e vedere se lo legge?