Puoi usare la CIE per firmare i documenti e il Middleware CIE contiene già una qualche utility per poterlo fare e in ogni caso ne esistono parecchi programmi e app per la firma tramite CIE.
Per un lettore di Smart Card non contactless, potresti usare Bit4id Minilector evo 2.0.
Ho utilizzato questo lettore per questo articolo Raspberry Pi – Un esempio di applicazione della TS-CNS di cui puoi vedere il tutorial qui Un sistema di accesso basato sulla Smart Card TS-CNS e Raspberry Pi - YouTube e il progetto software su GitHub https://github.com/amusarra/raspberry-pi-access-via-ts-cns
Una buona giornata.