Accreditamento - Riferimento del sottoscrittore

Salve
la procedura di accreditamento prevede l’indicazione del c.d. “Riferimento del sottoscrittore” ed anche il codice fiscale “della persona fisica titolare dell’accordo di servizio. Si tratta del codice fiscale a cui è rilasciato il certificato con cui si firmerà la richiesta di accreditamento”. Molti indicano qui un referente aziendale interno (un dipendente) specificando il proprio CF. Questo però avrebbe dovuto comportare il rifiuto della domanda perché questo CF risulta poi differente da quello presente nel certificato di firma (del rappresentante legale) mentre la procedura è proseguita ugualmente. Sono arrivati pertanto certificati che fisicamente sono nominati col CF del “riferimento del sottoscrittore”, presente assieme anche al nome e cognome per esteso nel nome comune dei certificati (sia di firma che di crittografia). Nel certificato è corretto il nome della società e la sua PIVA.
Ovviamente il dipendente non accetta questa situazione, non vuole che compaia la sua persona fisica (e non posso dargli torto). Vista la dinamica di inserimento credo proprio che vi siano diversi certificati rilasciati in questo modo. Ora parte la trafila per annullare e rifare l’accreditamento con il corretto CF ma sono del parere che ci sia qualche vizio sulla procedura di accreditamento che non avrebbe dovuto consentire questo risultato.
Pareri in merito?
Grazie

RETTIFICA: il certificato è stato generato prelevando le informazioni dall’ultima pagina del documento modalità_per_scambio_dati_telematico.doc alla voce RICHIESTA DI ATTIVAZIONE DI FORNITURA DATI CIFRATA per il “referente dello scambio dati”. In questo frangente si fa riferimento ad un “responsabile di riferimento” che nulla ha a che vedere con il rappresentante legale, ed ovviamente non è presente alcun riferimento al fatto che su questi dati venga generato il certificato.