Let's encrypt

Buongiorno a tutti, sono Matteo.
Per l’azienda in cui lavoro mi occupo della parte sistemistica dei siti creati da noi.
Mi sono ritrovato a usare Let’s encrypt per ovviare alla problematica SSL, purtroppo è sorto un problema dovuto sicuramente anche alla mia poca esperienza.
I siti su cui ho installato Let’s encrypt funzionano benissimo, il problema sorge quando gli Alias di alcuni di essi mi reindirizzano a un altro sito. Secondo voi cosa può essere ?

puoi spiegare meglio il problema?