Non credo il problema sia lato SDI: io ho mai avuto problemi con SDIFTP anche se invio spesso zip contenenti xxxxx_aa.xml ed xxxxx_aA.xml (lo so, sono perfido) 
Segnalo che, anche sulle versioni più recenti di Windows (tutte quelle attualmente supportate), comprese quelle server, è possibile rendere una cartella case insensitive tramite un attributo, forse poco conosciuto.
Purtroppo no sui server con windows 2012 rc1 (o almeno, non in modo canonico)