Rtd e codice ipa

Buongiorno a tutti,
un ente pubblico economico (non pa) ha l’obbligo di nomina del rtd ma non l’obbligo di iscrizione all’indice pa.
Come conciliare le due cose?
Il codice ipa può far comodo per accedere ai bandi per l’italia digitale ma crea problemi per la fatturazione elettronica (split e fe nel cassetto fiscale), qualcuno sa darmi indicazioni in merito?