Deep Linking è una pratica differente. Sembra che l’applicativo di @marcomarsala, non so se mi sbaglio ma sembra essere fatturapertutti.it (al momento è l’unico che ho visto in commercio, con APIs), sia perfettamente conforme con le direttive dell’Agenzia delle Entrate.
Tra l’altro, proprio la stessa Agenzia delle Entrate, con la risposta n. 413 ad un interpello ha asserito:
“Laddove, come sembra dalle indicazioni dell’istante - ma ferme eventuali diverse
valutazioni derivanti da verifiche di fatto sulla correttezza e completezza degli
elementi rappresentati, non effettuabili in questa sede - il “velocizzatore” ipotizzato
rispetti tali prescrizioni, nulla osta, per i profili di competenza dell’Agenzia delle
entrate, al suo utilizzo.”
https://www.agenziaentrate.gov.it/portale/documents/20143/2665720/Risposta+n.+413+del+25+settembre+2020.pdf/35bddf23-25e5-0aa8-49f0-ed7703230c04
Il problema più che altro sorgerà dapprima in data 01/03/2021, quando l’Agenzia delle Entrate transiterà all’autenticazione tramite SPID e non rilascerà più le credenziali Fisconline a nuovi utenti e successivamente, dal mese di Settembre 2021, quando invaliderà anche le vecchie credenziali.
Immagino che tutti noi sviluppatori di SW attendiamo impazientemente il rilascio di APIs ufficiali da parte dell’AdE, che forse non avrà realizzato per fare inizialmente un favore ai fabbricanti di RT. Magari, volta che si sarà attestata la vendita degli RT, entro il 1 Gennaio 2021, può darsi che l’AdE finalmente realizzi e pubblichi queste APIs (o forse le ha già pronte… chissà). 
Sta di fatto che, se pubblicheranno le APIs, molti negozi, supermercati, catene, preferiranno un software che trasmetta all’Agenzia delle Entrate il documento commerciale, anziché mantenere dei costosi server RT con annessi client/stampanti RT. Vedasi il risparmio in termini di manutenzione, verificazione periodica, conformità della rete per il server RT, etc.
In ultima ipotesi, potrebbe essere che l’AdE non pubblicherà mai queste APIs perché, nonostante abbiano la mania di conservare i dati personali dell’Italia intera, una cosa è gestire le fatture elettroniche e i corrispettivi cumulati da un RT, un’altra è gestire il flusso triliardario di documenti fiscali delle vendite al dettaglio.
Dovrebbero sicuramente adeguare l’infrastruttura tecnologica ad un utilizzo così intenso.