Io ho utilizzato questa procedura qua (Installazione certificati canale SDICOOP) per la generazione dei certificati client e server.
Ho memorizzato il pfx server in una cartella specifica e richiamato nel server.xml sulla porta configurata per SSL con la relativa password… Se mi collego, riesco a vedere correttamente il certificato.
Credo che sia questa la procedura, anche se continuo ad avere il tuo medesimo errore.