Consiglierei di fare presente il problema al più presto e tartassarli finchè non risolvono, sia correggendo l’anagrafica fornitore di modo che non ricevi altre fatture, sia emettendo nota credito per stornare quelle sbagliate!
Immagino che il mancato storno comporti non pochi problemi di contabilità… oltretutto bisognerebbe vedere la fattura ma se è detraibile potresti portare l’IVA in compensazione e non versare IVA per tutta la vita 
Nota bene che la mia segnalazione a cui hai risposto è del marzo 2019. Nel luglio del 2019 hanno introdotto ulteriori controlli (codici da 320-324) che controllano la coerenza tra P.IVA e C.F. (anche per il caso di società appartenenti ad un gruppo IVA), quindi questo tipo di problema non si può più verificare.