Ma non capisco.
Se aggiorno via FTP non sovrascrivo tutto, comprese le modifiche che ho fatto? Ma non è una mezza follia?
Se hai fatto modifiche al tema lavorando sui fogli in stile o sul codice si, togli tutto. Penso inseriranno parametri per le modifiche di base, penso…
Probabilmente non è una follia, ma nemmeno la scelta ideale, visto che WordPress permette di fare dei sotto temi e lavorare su quelli senza perdere niente ad ogni aggiornamento.
In questo momento ti devi munire di un comparatore, comparare il vecchio tema customizzato con quello nuovo e rifare tutte le modifiche sperando che siano compatibili, se non sono compatibili allora ti aspetta altro lavoro.
La maniera in cui è impostato il tema fa si che o non si facciano modifiche ( per poter aggiornare in tranquillità ) o non si facciano proprio gli aggiornamenti. In un caso avremo siti copia ed incolla tutti uguali ed in un altro siti a rischio sicurezza.
I più temerari 
fanno modifiche e poi passano un bel po’ di tempo a smanettare ogni volta che aggiornano il tema.
Ti suggerisco di munirti di un comparatore tipo Meld o simili : https://meldmerge.org/
P.S. la mia è una piccola critica, vorrei precisare che apprezzo molto il lavoro che è stato svolto, sia a livello di documentazione, sia sul tema grafico. Aggiornamenti a parte, questo tema ci facilita in maniera enorme la vita.
Grazie per le risposte.
Quindi vanno perse solo le eventuali modifiche a livello di codice.
Modifiche fatte da dentro il tema rimangono tranquillamente
Se intendi le modifiche fatte con l’editor interno di WordPress ( l’editor del tema) in pratica sono modifiche sui file del tema, tipo il foglio di stile, functions.php o i vari custom content type. In questo caso hai modificato dei file del tema e con l’aggiornamento le perdi.
Ad ogni modo prima anche di pensare di fare qualcosa fai un doppio backup, uno in remoto ed uno in locale, in questo modo in caso di disastri di ogni genere sarai in grado di ripristinare il sito in totale tranquillità.
Ciao a tutti, sto sviluppando il sito web della scuola in cui lavoro. Sto adottando il modello di sito scolastico (WordPress) ma ho un problema. Non so come collegare la pagina Offerta Formativa con gli Indirizzi di Studio (per intenderci, nella Home, la sezione in Blu in basso). Spero sia questa la sezione in cui porre questa domanda. Grazie in anticipo.Saluti